科技日報武漢4月12日電 (蔣朝常 記者 吳純新)記者12日從華中農業(yè)大學獲悉,該校張建偉教授課題組聯(lián)合國內外高校與科研團隊,以代表亞洲稻群體結構的高質量基因組為對象,構建并全面分析基因組倒位圖譜,建成了世界上首個基于同源基因簇的水稻泛基因組綜合數(shù)據(jù)庫——水稻基因索引數(shù)據(jù)庫。相關研究成果發(fā)表在《自然·通訊》與《分子植物》。
亞洲栽培稻是世界一半人口的主食。預計2060年至2070年,世界人口數(shù)量將增加到約100億,科研人員迫切需要培育產量高、營養(yǎng)豐富、綠色環(huán)保和氣候適應性更強的新品種。
張建偉介紹,全球有約500萬份水稻種質及其野生近緣種,這些資源的基因組變異中(單核苷酸多態(tài)性、插入缺失、倒位和易位等)蘊藏著品種改良的重要信息,對其開展基于泛基因組的多組學研究具有重要意義。
水稻基因索引數(shù)據(jù)庫可為每個水稻基因建立一張“綜合圖文信息卡片”,實現(xiàn)不同功能和常用數(shù)據(jù)庫之間的快速鏈接,記錄包括OGI、基因通用名、序列、功能、表達等基本信息,并以可交互示意圖展示該基因轉錄本結構、可變剪接事件、同源關系網(wǎng)絡圖和系統(tǒng)發(fā)育樹等。
該平臺能為用戶提供豐富的模塊和工具,方便研究人員對不同種質基因以及基因同源關系進行查詢、分析和可視化,為全球水稻研究學者提供免費在線檢索和分析服務。研究人員可以通過關鍵詞、序列、同源關系等3種方式在數(shù)據(jù)庫中進行搜索,并在微觀和宏觀尺度對種質間基因組共線性進行分析和可視化研究。
信息網(wǎng)絡傳播視聽節(jié)目許可證:120330032
中華人民共和國互聯(lián)網(wǎng)新聞信息服務許可證:45120170002
中華人民共和國互聯(lián)網(wǎng)出版許可證 (署)網(wǎng)出證(桂)字第020號
廣播電視節(jié)目制作經營許可證編號:(桂)字第0230號
網(wǎng)警備案號:45010302000253
桂ICP備11003557 南寧新聞網(wǎng)版權所有
舉報電話:0771—5530647 郵箱:mail@nnnews.net
登錄
還沒賬號?立即注冊
點擊頭像快速登錄
請輸入驗證碼